Nell'anno 2090, i conflitti mondiali vengono combattuti con gigantesche macchine da guerra chiamate Wanzer. L’isola di Huffman, l’unico luogo in cui l’Unione Cooperativa dell’Oceania (OCU) e gli Stati Continentali Unificati (UCS) condividono un confine terrestre, è un focolaio di conflitti.
Un plotone di ricognizione dell'OCU guidato dal capitano Royd Clive ha il compito di indagare su un deposito di munizioni dell'UCS. Subiscono un'imboscata da parte degli UCS Wanzer, innescando una serie di eventi che gettano l'intera isola in guerra. La fidanzata di Royd, il tenente Karen Meure, scompare in azione.
Congedato dall'esercito, Royd inizia a indagare su cosa è successo a Karen. La sua ricerca lo porta sempre più vicino alla cospirazione dietro l'incidente e ai poteri che lo hanno orchestrato.
Con decine di personaggi da incontrare, una storia ben congegnata e protagonisti non manichei, Front Mission è il classico del genere RPG giapponese, finalmente disponibile in tutto il mondo.