En 2090, les conflits mondiaux sont combattus par des machines de guerre géantes appelées Wanzers. L'île Huffman, le seul endroit où l'Union coopérative d'Océanie (OCU) et les États continentaux unifiés (UCS) partagent une frontière terrestre, est un foyer de conflit.
Un peloton de reconnaissance de l'OCU dirigé par le capitaine Royd Clive est chargé d'enquêter sur un dépôt de munitions de l'UCS. Ils sont pris en embuscade par les Wanzers de l'UCS, déclenchant une série d'événements qui plongent toute l'île dans la guerre. La fiancée de Royd, le lieutenant Karen Meure, disparaît au combat.
Renvoyé de l'armée, Royd commence à enquêter sur ce qui est arrivé à Karen. Sa quête le rapproche de plus en plus de la conspiration derrière l'incident et des puissances qui l'ont orchestré.
Avec des dizaines de personnages à rencontrer, son histoire bien pensée et des protagonistes non manichéens, Front Mission est le classique du genre RPG japonais, enfin disponible dans le monde entier.
